そんな日陰の存在ではあった哺乳類だが、三畳紀末にはカモノハシなどの単孔類とは別系統で、コアラやカンガルーにつながる有袋類が分岐して新たな可能性を模索している。
しかし、現在の地球で繁栄している哺乳類の多くは「有胎盤類（ゆうたいばんるい）」とよばれるものだ。胎生であると同時に、胎児を子宮内で育てる胎盤という器官をもち、より安全に子育てできるように進化したのだ。
その祖先は1億2500万年前の中生代白亜紀初期の「エオマイア」といわれている。エオマイアはまだ完全な胎盤を持っていなかったとされるが、この末裔が有袋類・単孔類を除いた現在の哺乳類であることは間違いないようだ。ただ、恐竜が跋扈しているうちはまだまだ表立って活動できていなかったと考えられている。
有胎盤類の祖先、エオマイア。 （©️ N. Tamura）しかし、栄枯盛衰は世の常で、恐竜も鳥類以外は6600万年前の中生代白亜紀末に絶滅してしまう。絶滅の原因は巨大隕石の衝突が主因と考えられているが、さまざまな不運が長い間に積もり積もった結果であるとの見方もある。
そして、いよいよ新生代に突入する。哺乳類大躍進の時代が始まったのである。
陸から海の動物へ、クジラの進化
新生代に入って、それまでネズミのような大きさに過ぎなかった哺乳類が、かつて恐竜の生息していたあらゆる場所（ニッチ）へ続々と進出していった。現在、普通に見られる哺乳類の原型は、約5000万年前の新生代古第三紀始新世にはほとんど出そろったと考えられている。
クジラも例外ではない。クジラは、ウシやカバと共通の祖先から分岐したと現在は考えられている。クジラもウシも、現在は「鯨偶蹄目（くじらぐうていもく）」という分類群に入っている。鯨肉の質感が豚肉よりも牛肉に近いのはそのためだろう。とくにクジラとカバとはかなり遺伝的に近い距離にある。
