小諸城の魅力の一つは、仙石秀久が築いた古風な野面積みの石垣。石垣は、後世に積み直された箇所も多いが、本丸には古い石垣がよく残っている。とくに天守台は、豊臣期の積み方の特徴がよくわかる。