日本学術会議が推薦した105人中の6人を菅義偉首相が任命しなかった問題を発端に、学術会議の問題点が次々に明らかになってきた。創設以来、適時適切な提言などを行っていない、会員の選定が偏り共産党の隠れ蓑と化している、科研費等の配分にも影響力を及ぼし文系偏重などである。しかし、最大の問題はナショナル・アカデミーの立場にありながら、国力を毀損する声明を出し、また行動をしてきたことである。