左派系マスコミと野党の一部は日本学術会議の推薦会員のうち6人を菅義偉首相が任命しなかったことばかりを問題化し、同会議の在り方見直しとは全く別だと分離を図っている。しかし、同会議は「科学研究の面から国家に責任を負う唯一の組織」と位置づけている。そうであるならば、憲法が認める自衛のために存在する自衛隊の装備研究や自衛官の大学院での研修の便宜を図るのが当然である。